Een aantal Sint-Baafskapellen hebben elkaar, maar niet steeds op dezelfde plaats, opgevolgd. Een Sint-Baafskapel wordt zeker al vermeld in de miracula sancti Bavonis omstreeks eind 10de - begin 11de eeuw.
in 1469 werd een volgende Sint-Baafs-kapel gebouwd ten noorden van de Mendonkkouter, op een scherpe knik van de huidige Spanjeveerstraat.
Op het einde van de 16de eeuw wordt ook die kapel afgebroken.
De huidige kapel in neoromaanse stijl, in de nabijheid van de vroegere standplaats, was in 1868 een initiatief van pastoor Félix Filleul, die hier in functie was van februari 1868 tot november 1870. Hij kocht het perceeltje grond van Frans Van Kerckhove, een landbouwer uit Mendonk om er de nieuwe Bavokapel te laten bouwen. De aannemer van de kapel was J. Nimmegeers uit Zaffelare.
De jaarlijkse Bavobedevaartsweek gaat door vanaf de patroonsdag van de H. Bavo op 1 oktober tot 9 oktober.
De Bavokapel is nog steeds in beheer van de kerkraad van Mendonk
